VIABILIDADE DA EXTRAÇÃO DE DNA EM AMOSTRAS DE CAFÉ TORRADO COM DEGRADAÇÃO GENÔMICA

Autores

• Andressa Moreira de Souza iD Embrapa Agroindústria de Alimentos
• Otniel Freitas Silva iD Embrapa Agroindústria de Alimentos
• Bruna Valentim da Silva iD Universidade Federal do Estado do Rio de Janeiro (UNIRIO)
• Cleverson Busso iD Universidade Tecnológica Federal do Paraná (UTFPR)
• Ricardo Schneider iD Universidade Tecnológica Federal do Paraná (UTFPR)
• Alessandra de Souza Teixeira iD Universidade Federal de Santa Catarina (UFSC)
• Gustavo Pontes iD Universidade Federal de Santa Catarina (UFSC)
• Gustavo Nicolodelli iD Universidade Federal de Santa Catarina (UFSC)

Resumo

Objetivo: O presente estudo teve como objetivo avaliar diferentes protocolos de extração de DNA em amostras de café, tanto verde quanto torrado, visando estabelecer um método capaz de garantir maior eficiência nas reações de qPCR utilizadas para genotipagem de espécies de café com elevado grau de degradação do DNA genômico, uma vez que o processo de torra compromete a pureza do DNA isolado e reduz significativamente a quantidade disponível para extração. Métodos: Foram analisadas amostras de café torrado, classificadas como escuro na escala de 35 Agtron, e de café verde provenientes de seis estados. Essas amostras foram submetidas à extração de DNA utilizando cinco protocolos de kits comerciais e seis protocolos desenvolvidos in house. Em seguida, foram conduzidas reações de amplificação para avaliar tanto a pureza do DNA obtido quanto a eficiência dos diferentes protocolos testados. Resultados: Os protocolos correspondentes aos métodos (E) e (K) demonstraram os resultados mais satisfatórios, tanto em relação à pureza do DNA obtido quanto à eficiência das reações de amplificação. Conclusão: O protocolo in house do método (K), desenvolvido neste estudo, gerou DNA com qualidade adequada para análises de qPCR, permitindo a genotipagem das espécies de C. arabica e C. canephora por meio de discriminação alélica, após a aplicação da técnica de pré-amplificação.

Palavras-chave

Coffea; discriminação alélica; genotipagem; protocolo de extração; kit

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